Сотрудники ЭКЦ работают рука об руку со следователями, дознавателями, сотрудниками криминальной полиции, розыска, департаментов борьбы с экономическими преступлениями и организованной преступностью. Можно сказать, что им достаётся самая «грязная работа», ведь на местах происшествия криминалистам приходится сталкиваться с так называемым биологическим материалом, кстати, не всегда безопасным для здоровья.

 

Структура Экспертно-криминалистического центра представлена 16-ю отделами. Контрольно-методический отдел ведёт статистику, изучает и анализирует состояние профессиональной подготовки сотрудников, организует и координирует их подготовку, переподготовку и повышение квалификации — словом, занимается всеми организационными вопросами. Также есть отдел, отвечающий за внедрение технических средств в экспертно-криминалистическую деятельность, по сути, отдел несёт ответственность за повышение технического уровня ЭКЦ.

Далее отделы, занимающиеся экспертизами: различного рода экономическими, биологическими. Отдел фоноскопических и лингвистических экспертиз, исследующих звуковую информацию, зафиксированную с помощью различных устройств регистрации звука, отдел по проведению межрегиональных проверок следов рук — иначе дактилоскопические исследования и экспертизы. Пристального внимания заслуживает отдел исследования оружия и трасологии, занимающийся наиболее сложными диагностическими, идентификационными и ситуационными экспертизами. Например, определение расстояния, с которого произведён выстрел, по пулевым повреждениям на преградах (одежда, стекло, автомобиль и т.д.), расположение стрелявшего в момент выстрела, сравнительные исследования по пуле, дроби, картечи, выстреленной из гладкоствольного оружия.

Помимо этого ЭКЦ проводит экспертизы наркотических средств, психотропных и сильнодействующих веществ. Работа отдела медико-криминалистических экспертиз и исследований подразумевает осмотр неопознанных трупов, сбор, обработку, исследование и фиксирование идентификационной информации, проведение исследований по восстановлению папиллярных узоров кистей, реконструкцию лица по черепу и так далее.

В настоящее время для расширения возможностей экспертно-криминалистических подразделений в раскрытии и расследовании преступлений осваиваются новые направления экспертной деятельности. Сотрудники ЭКЦ используют в работе современную криминалистическую технику и аналитическое оборудование. Оснащённость центра позволяет решать самые трудные криминалистические задачи при производстве взрыво- и пожарно-технических исследований, экспертиз наркотических средств, психотропных и сильнодействующих веществ, биологических экспертиз. С целью обмена профессиональным опытом сотрудники принимают зарубежные делегации и сами выезжают  за границу. Основные усилия экспертно-криминалистических подразделений направлены на обеспечение эффективного взаимодействия следователей, дознавателей, оперативных сотрудников, экспертов, повышение качества работы следственно-оперативных групп на местах происшествий, эффективное  использование материалов, способствующих задержанию преступников по горячим следам, а также преступлений
прошлых лет.