Свою историю Инженерно-сапёрный отдел ведёт с 1-го отделения ЭКО УВД на Московском метрополитене, образованного в 1996 году. 

В его задачи входило обследование бесхозного и забытого багажа, подозрительных предметов, обнаруженных на станциях и объектах метрополитена, определение их принадлежности к взрывным устройствам. Была на вооружении «гражданская» машина, оборудованная рентгеновским аппаратом.

В 2001 году было принято решение о сокращении в УВД на Московском метрополитене этого подразделения и создании 16 августа 2001 года Инженерно-сапёрного отдела ГУВД по г. Москве (приказ ГУВД по г. Москве от 16 августа 2001 года № 385). В соответствии с приказом МВД России от 27 апреля 2011 года № 282, ИСО ГУВД по г. Москве переименован в ИСО ГУ МВД России по г. Москве.